Использование глубокого обучения для сегментации опухоли в медицинских изображениях
Автор: Джулия Гонг, студентка второго курса Стэнфордского университета, специальность «Математика и вычислительная наука», «Лингвистика»
Это второй пост в моей серии о проекте компьютерного зрения, над которым я работала в SAS. В моем предыдущем посте я рассказала о своем первоначальном исследовании и переживаниях по поводу проекта. В этой статье я расскажу, как доработала цели и начала работу над проектом по сегментации опухолей печени в 3D КТ-сканировании.
Теперь, когда я поняла, с какими инструментами буду работать, и прочувствовала конечную целью проекта, пришло время узнать конкретные вопросы, над которыми я буду работать:
- Формат изображения dicom: что это и чем он отличается от jpeg или png?
- Как выглядят данные?
- Как я могу получить к ним доступ, и после этого, как я могу их прочитать?
- Как выглядит печень? Что считается поражением?
- Каковы причины, по которым нужно извлечь эти поражения из компьютерной томографии?
- Как эти результирующие сегментации будут использоваться?
- Как я могу сделать эти результаты наиболее понятными для пользователя моего конечного продукта?
Эти контекстные вопросы так же важны, как и понимание инструментов, которые я собираюсь использовать. Они создают мотивацию для проекта во всех смыслах этого слова - конкретную причину, по которой проект важен для SAS и общества, а также внутреннюю мотивацию для меня, чтобы я хотела проект закончить.
Вопросы также поспособствовали доработке конечной цели проекта и шагов для ее достижения. Ответы на эти вопросы были решающей контрольной точкой для траектории проекта и ожидаемого конечного результата.
Мы решили, что моей целью будет разработка модели, которая использовала бы метод скользящего окна (sliding window), чтобы сегментировать поражения от исходных входных изображений и выводить окончательную черно-белую сегментацию, которая может быть видна пользователю.
Метод скользящего окна - техника компьютерного зрения, которая перемещает ограниченную рамку вокруг изображения в поисках объекта в этом фрагменте изображения при каждом его перемещении.
Когда все условности проекта были полностью обозначены, мне не терпелось начать.
Начнем с глубокого обучения
Моя конечная цель - создать систему, которая принимала бы входные данные и доставляла выходные, а основным компонентом этой системы является модель глубокого обучения. Поэтому, нужно построить модель, которая выполняла бы задачу классификации в сегментации изображения, используя трансферное обучение (transfer learning). С этого я и начала.
Краткий обзор записей, которые я вела. На этом этапе тестирования я запустила более 40 различных моделей.
Первое, что я узнала о глубоком обучении? Во многом это метод проб и ошибок. Предыдущие знания, обоснованные догадки, эмпирические данные и проверки гипотез - ваши лучшие друзья. Вы начинаете с архитектурной модели, взятой из литературы, пытаетесь повторить этот эксперимент, получить хороший результат и двигаться дальше.
Так как я использовала Python для Viya, первым делом я запустила несколько ноутбуков Jupyter для проведения этих экспериментов. Этот период проб и ошибок длился от трех до четырех недель. Я исследовала несколько различных моделей, предлагаемых в Viya: DenseNet, VGG и ResNet. Я вела электронную таблицу со всеми гиперпараметрами (различные аспекты сети, которые можно настроить, такие как скорость обучения, регуляризация L2 и количество запусков).
Как в случае с любой сложной проблемой, важно начинать с малого. В данном случае, я начала с более мелких моделей и данных, чтобы узнать, какие гиперпараметры будут оптимальными для этого конкретного типа данных. Джулия Гонг студентка второго курса Стэнфордского университета, специальность «Математика и вычислительная наука», «Лингвистика»
Как в случае с любой сложной проблемой, важно начинать с малого. В данном случае, я начала с более мелких моделей и данных, чтобы узнать, какие гиперпараметры будут оптимальными для этого конкретного типа данных. Хотя КТ-сканирование - это 3D-изображения с сотнями срезов, я начала с выбора только нескольких срезов из разных сканирований пациентов для обучения модели, а затем тестировала на одном срезе от другого пациента.
При завершении длительного процесса тестирования множества различных комбинаций гиперпараметров для каждой из моделей, я обнаружила, что модель VGG16 была наиболее эффективной, и нашла соответствующие гиперпараметры, которые максимизировали эффективность ее классификации.
В это время я была уже на полпути в рамках проекта, и придумала черновой набросок лучшей модели, которую можно было бы использовать в основе моего пайплайна. Но оставалось еще многое сделать, чтобы превратить этот единственный пайп в линию пайпов Скоро выйдет мой следующий пост, где я объясню, как я это сделала.
ОБ АВТОРЕ
Джулия Гонг - второкурсница в Стэнфордском университете, специальность «Математика и вычислительная наука», «Лингвистика». Она начала работать в SAS летом 2016 года, когда она создала программное обеспечение для обнаружения рака кожи на JMP с использованием методов анализа изображений и статистического моделирования. Летом 2017 года она использовала язык сценариев JMP для создания интерактивного пользовательского компоновщика R-надстроек для JMP. Летом 2018 года она создала сквозной автоматизированный пайплайн данных для сегментации опухолей печени при 3D-КТ-сканировании с использованием глубокого обучения и компьютерного зрения для анализа биомедицинских изображений в SAS Viya и CAS. Она получила признание на международных технологических конкурсах; любит публичные выступления, и ей нравится искать новые решения в таких областях, как искусственный интеллект, машинное обучение, лингвистика, охрана окружающей среды, медицина, сервис и искусство. Джулия надеется продолжить карьеру, которая объединит ее многочисленные интересы в области компьютерного зрения, искусственного интеллекта, медицины, обработки естественного языка, социального блага, образования и жизнеспособности.
Рекомендуем прочитать
- 5 советов по управлению данными, которые помогут вам улучшить работу с аналитикойСледуйте этим 5 рекомендациям по управлению данными, чтобы убедиться, что ваши бизнес-данные дают вам отличные результаты в рамках проведения аналитики.
- Ускоряясь на пути внедрения искусственного интеллекта, подумайте о «качестве дорожного покрытия»ИИ-технология добилась огромных успехов за короткое время и готова к более широкому внедрению. Но поскольку организации наращивают усилия по ИИ, им необходимо проявлять особую осторожность, потому что, как скажет любой сотрудник полиции, даже небольшие выбоины могут создавать проблемы для транспортных средств, движущихся на высоких скоростях.
- Operationalizing analytics: 4 ways banks are conquering the infamous ‘last mile’Here are four examples across the banking industry that show how these leading organizations followed a clearly defined path to conquer the infamous 'last mile' of analytics.